Bij fantoompijn of 'spookpijn' ervaart de patiënt pijn in een niet-aanwezig deel van het lichaam. De pijn kan zo hevig zijn dat de patiënt depressief en suïcidaal wordt. Het karakter wordt vaak omschreven als krampend, brandend, stekend, knijpend en schietend en de ernst kan variëren van mild tot ondraaglijk.
Fantoompijn kan optreden als een 'herinnerings'pijn van gebeurtenissen die vroeger in het geamputeerde ledemaat hebben plaatsgevonden: eerdere verwondingen of beschadigingen zoals pijn van zweren, ingegroeide teennagels, gangreen, blaren, likdoorns en littekens. Deze verwondingen of beschadigingen kunnen al jaren geleden genezen zijn. Toch kan dezelfde pijn zich weer voordoen in het fantoom. Ook na het trekken van tanden of kiezen, dwarslaesie, verwijdering van endeldarm, blaas, baarmoeder, genitaliën of borstamputaties kunnen dergelijke fenomenen optreden. Vooral bij dit laatste treedt veelal fantoompijn op, maar patiënten hebben vaak schroom om daar over te spreken.