Door het ontbreken van een sluitende verklaring en het geringe succes van de behandelingen zijn er meer dan vijftig therapieën voor fantoompijn beschreven.
Als medicamenteuze therapie moet behalve paracetamol en NSAID's de neuropathische pijnbehandelingsmiddelen uit stap 1, te weten pregabaline, specifiek geregistreerd voor deze pijn en anti-epileptica en tricyclische antidepressiva worden voorgeschreven. Het voorschrijven van zwak- en sterkwerkende opiaten bij fantoompijn valt te overwegen, maar bij het instellen van de therapie moet goed opgelet worden of de fantoompijn wel reageert op de voorgeschreven medicatie.
TENS kan bij fantoompijn goede resultaten opleveren, evenals fysiotherapie.
Over acupunctuur bestaat geen eenstemmigheid: het kan enerzijds een duidelijk positief effect hebben, maar kan anderzijds de pijn verergeren.
Psychologische begeleiding is bij fantoompijn vaak gewenst, vooral bij wijze van ondersteuning.
Bij ernstige therapie-ongevoelige fantoompijnen kan de zogenaamde 'dorsal root entry zone lesion' (DREZ-laesie) overwogen worden. Bij deze neurochirurgische ingreep wordt met behulp van een dunne elektrode tijdens de operatie een aantal beschadigingen aangebracht bij de intreeplaatsen van de pijngeleidende zenuwen aan de achterzijde van het ruggenmerg.