Het epitheel komt direct in contact met de ingeademde lucht en scheidt, bijvoorbeeld na contact met virussen, allerlei stoffen af, de zogenaamde ontstekingsfactoren. Deze ontstekingsfactoren zijn in staat om een hele reeks van ontstekingsprocessen te starten.
Witte bloedcellen worden door deze ontstekingsfactoren aangetrokken en geactiveerd. Sommige van die witte bloedcellen kunnen bacteriën, virussen en vreemde deeltjes opnemen en elimineren. Andere hebben vooral een belangrijke regulerende functie door de productie van ontstekingsstimulerende of ontstekingsremmende stofjes, of ze produceren antistoffen die tot versnelde uitschakeling van vreemde eiwitten of bacteriën leiden. De specifieke processen die van belang zijn bij copd en astma zullen verder in de desbetreffende hoofdstukken besproken worden.