Afzetting van het kleine eiwit amyloïd in de hersenen is het begin van een keten van processen die leidt tot de hersenafwijkingen bij de ziekte van Alzheimer. Wat die kettingreactie nu precies in gang zet, is echter nog steeds niet precies bekend. Waarschijnlijk speelt het Apo-E4 hierbij een belangrijke rol. Apo-E4 is een van de vier typen apo-lipoproteïnen. Dit zijn stoffen die te maken hebben met het transport van vetten. Ze zorgen er onder meer voor dat vetten goed in het bloed opgelost kunnen worden. Mensen met Apo-E2 hebben een verlaagd risico op hart- en vaatziekten. Mensen met Apo-E4 hebben een verhoogd risico hierop.
Apo-lipoproteïnen komen ook in de hersenen voor en spelen daar een rol bij het herstel van zenuwcellen na een beschadiging. Men neemt aan dat Apo-E4 daarbij een ongunstige rol speelt, omdat het Apo-E4 bij 20 tot 30% van de bevolking voorkomt, terwijl dit bij 50 tot 60% van de mensen met de ziekte van Alzheimer het geval is.
De rol van Apo-E4 is hiermee overigens niet geheel duidelijk geworden. Want niet iedereen met Apo-E4 krijgt de ziekte van Alzheimer. Men neemt momenteel aan dat mensen met Apo-E4 gevoeliger zijn voor datgene wat de ziekte van Alzheimer doet ontstaan, waardoor zij gemakkelijker en ook op jongere leeftijd de ziekte krijgen.