De behandeling van een depressie verloopt in een aantal fasen. In de acute fase wordt de diagnose gesteld en een begin gemaakt met de behandeling. Wanneer die behandeling met antidepressiva na twee tot zes weken effect heeft, spreken we van herstel (remissie) van de depressie. De patiënt kan, met behulp van ondersteunende gesprekstherapie, langzaam de draad van zijn leven weer oppakken. De behandeling is dan echter nog maar pas begonnen. Nu volgt de tweede fase, de zgn. voortgezette behandelingsfase. Volgens de huidige opvattingen duurt deze fase minimaal een half jaar, soms ook wel een jaar. Daarna wordt, in het kader van het behandelplan, het verdere beleid afgesproken.
Bij een eerste depressie zouden bijvoorbeeld de antidepressiva kunnen worden afgebouwd. Is de depressie echter heel hevig geweest, heeft de patiënt al eerder depressies doorgemaakt of wordt, bijvoorbeeld op grond van erfelijke factoren, het risico van een nieuwe depressie hoog ingeschat, dan kan besloten worden de medicatie voort te zetten. We spreken dan van onderhoudsfase. De laatste tijd wordt veelal gekozen voor een langer durende onderhoudsbehandeling met ondersteunende gesprekken of psychotherapie.
Een van zwakkere punten van een behandeling met medicijnen is de therapietrouw, de mate waarin de patiënt de medische adviezen en andere aanwijzingen van de arts opvolgt. Vroeger was het vaak vanzelfsprekend, dat de patiënt deed wat de arts hem 'opdroeg'. In de loop der jaren is de patiënt mondiger geworden. Dat is een goede ontwikkeling. De keerzijde ervan is dat de patiënt soms zonder overleg zijn pillen 'gewoon niet meer neemt'. In de literatuur is sprake van 20 tot 60 % van de patiënten die na drie tot zes maanden zijn medicijnen niet meer slikt. De meeste patiënten stoppen op eigen initiatief, vooral omdat ze twijfelen over het effect van de medicatie of omdat ze last hebben van de bijwerkingen. Vaak leveren ze de medicijnen niet eens in bij de apotheek.
Een goede arts-patiënt relatie is de hoeksteen van een geslaagde behandeling! Voorlichting over depressie en over de behandelmogelijkheden (psycho-educatie), een gezamenlijke probleemformulering en het opstellen van een behandelplan zijn hierbij essentiële onderdelen. Ook is het aan te bevelen, dat arts en patiënt met elkaar praten over de voor- en nadelen van een bepaald antidepressivum. De keuze van het antidepressivum is immers belangrijk voor de latere therapietrouw.
Ook komt het voor dat de patiënt zijn medicijnen (voor kortere of langere tijd) onregelmatig inneemt. De achtergronden van dit verschijnsel zijn verschillend. Soms gaat het om patiënten die een onregelmatig leven leiden. De regelmatige inname van medicijnen schiet er dan bij in.
Bij andere patiënten is het een bewuste keuze: zij hebben geen vertrouwen in het medicijn of willen ontsnappen aan de bijwerkingen. Seksuele bijwerkingen zijn nogal eens aanleiding tot drug holidays. Het regelmatig houden van een drug holiday ondermijnt het effect van de behandeling.