Bij erectieproblemen is lichamelijk onderzoek niet altijd nodig. Redenen voor de dokter om wel lichamelijk onderzoek te doen, zijn klachten van pijn, een altijd bestaand erectieprobleem of een vermoeden op hormonale afwijkingen of lokale afwijkingen (ongeval, operatie, Peyronie, te nauwe voorhuid) en ten slotte op eigen verzoek. Het is vaak al een geruststelling als de huisarts zegt dat de penis en de testikels er normaal uitzien. Bij een volledig lichamelijk onderzoek wordt de patiënt gevraagd zich geheel of gedeeltelijk te ontkleden. De huisarts let op algemene verschijnselen zoals lichaamsbouw en beharingspatroon en daarnaast op specifieke kenmerken zoals de grootte van de testikels en afwijkingen in vorm van de penis. Tevens let de huisarts op afscheiding uit de plasbuis. Door betasting van de penis en de testikels kunnen afwijkingen in de vorm en verhardingen in de penis en de zaadballen worden ontdekt. Ook wordt aan mannen die niet zijn besneden, gevraagd de voorhuid terug te trekken. Soms kan een vernauwing van de voorhuid namelijk de oorzaak van het erectieprobleem zijn. Vernauwing kan in rust niet zichtbaar zijn, maar pas optreden bij erectie. Datzelfde geldt voor vormafwijkingen van de penis in erectie, zoals bij Peyronie, waarbij in erectie een scheefstand van de penis ontstaat. Vervolgens zal de huisarts de liezen betasten op verdikkingen, zoals opgezette lymfeklieren, die kunnen wijzen op ontstekingen.
Onderzoek naar de functie van de zenuwen bestaat uit reflex- en gevoelsonderzoek. Bij het reflexonderzoek onderzoekt de arts de cremasterreflex en de bulbocarvernosusreflex. Bij de cremasterreflex wordt met een stokje langs de binnenzijde van de bovenbenen in de richting van de lies gewreven. Als de reflex ‘werkt’, dan gaat de zaadbal in de testikel vanzelf omhoog. Bij de bulbocarvernosusreflex wordt zachtjes in de kop van de penis geknepen en als de reflex ‘werkt’, zal de spier vlak voor de anus aanspannen. Dat is de musculus bulbocarvernosus. Sommige mannen noemen deze spier de klaarkomspier, vanwege het ritmisch samenspannen bij het klaarkomen (ejaculatie). Als de reflexen werken, dan werkt in ieder geval het zenuwstelsel in en rond de penis tot aan het ruggenmerg goed. Werken de reflexen niet, dan zegt dat niet veel. Vandaar dat de arts deze onderzoeken vaak overslaat. Bij een rectaal onderzoek wordt met de vinger via de anus de endeldarm bevoeld, waardoor de arts onder andere een indruk kan krijgen van de grootte en vorm van de prostaat. Dit onderzoek heeft alleen zin als er pijnklachten bestaan en als er aanwijzingen zijn dat de prostaat problemen oplevert. Daarmee is het lichamelijk onderzoek afgerond. De arts kan daarmee tevens een indruk krijgen van de spierspanning van de bekkenbodemspieren.