Zoals we eerder bespraken, zal het bij lang niet iedereen met maagklachten tot een diepgaand onderzoek naar de oorzaak van die klachten komen. Als de klachten niet alarmerend zijn, zal de geconsulteerde huisarts meestal een behandelingsadvies geven zonder dat de diagnose met 100% zekerheid vast is komen te staan. Immers, voor een absoluut zekere diagnose is veel en tamelijk invasief onderzoek (onderzoek waarbij een instrument in een orgaan moet worden gebracht) nodig. Hiervoor zal onder andere een gastroscopie moeten worden verricht. Alleen al om praktische redenen is het uitgesloten dat bij iedereen met maagklachten onmiddellijk tot dergelijk uitvoerig onderzoek overgegaan zal kunnen worden. Wanneer een absoluut zekere diagnose ontbreekt, zal de behandeling gebaseerd zijn op een waarschijnlijkheidsdiagnose. Meestal zal hierbij het klachtenpatroon de doorslaggevende factor vormen.