Slechts zelden zullen maagklachten operatieve behandeling vereisen. Operatie kan nodig zijn bij (kwaadaardige en goedaardige) tumoren van de maag of de slokdarm. Een enkele maal moet ook tegenwoordig nog geopereerd worden vanwege zweerziekte. Dit zal vooral het geval zijn wanneer complicaties van zweerziekte (zoals bloeding, perforatie of vernauwing door schrompeling) zijn opgetreden.
Bij refluxziekte wordt soms tot operatieve behandeling overgegaan. Hierbij wordt meestal de operatie volgens Nissen toegepast. Hierbij wordt het bovenste deel van de maag rondom de slokdarm gevouwen. Deze operatie kan zowel via een snede in de buik als via een kijkoperatie (laparoscopie) worden uitgevoerd.