De laatste jaren komen er steeds meer aanwijzingen dat besmetting met Helicobacter pylori niet alleen nadelige effecten heeft (verhoogde kans op zweerziekte en maagkanker), maar ook voordelen kan bieden. Een van deze voordelen is een beschermend effect tegen refluxziekte. De door de bacterie veroorzaakte ontsteking van het maagslijmvlies (gastritis) leidt namelijk op den duur tot vermindering van de zuurproductie van de maag.
Een ander voordelig effect van aanwezigheid van Helicobacter pylori is dat zuurproductieremmende geneesmiddelen beter werken wanneer de bacterie aanwezig is. Dit geldt vooral voor protonpompremmers. Sommige patiënten met refluxziekte merken dat zij na een behandeling van hun Helicobacter pylori-infectie (met antibiotica) een hogere dosis van een protonpompremmer nodig hebben.
Deze recente ontdekkingen hebben het nemen van een beslissing over een behandeling van een aanwezige Helicobacter pylori-infectie moeilijker gemaakt. Als zweerziekte aanwezig is, is er geen twijfel dat een behandeling van de infectie moet plaatsvinden, maar in alle andere gevallen dient een zorgvuldige afweging te worden gemaakt.