Een gevreesde, maar betrekkelijk zeldzame oorzaak van maagklachten is maagkanker (carcinoma ventriculi). Deze kan op alle plaatsen in de maag ontstaan. In de dunne darm is kanker zeer zeldzaam, maar de oorzaak hiervan is onbekend. De incidentie van maagkanker is dalende. Ook in landen als Japan, waar maagkanker vaker voorkomt dan in westerse landen, daalt het aantal patiënten met maagkanker. Zoals vele andere kwaadaardige tumoren komt maagkanker vooral op hogere leeftijd voor. Mannen hebben een hogere kans op het krijgen van deze ziekte dan vrouwen. De kans op het ontwikkelen van maagkanker is iets verhoogd bij mensen die 'besmet' zijn met de maagbacterie Helicobacter pylori.
De verschijnselen van maagkanker zijn niet specifiek. Pijn in de maagstreek, slechte eetlust en gewichtsverlies zijn de meest voorkomende verschijnselen. Als de ziekte tijdig ontdekt wordt, is genezing door middel van operatieve verwijdering van het aangedane deel van de maag mogelijk.
Slokdarmkanker verraadt zich meestal doordat de patiënt moeite krijgt met het wegslikken van voedsel. Eerst zal vast voedsel belemmering ondervinden. In vroege stadia is operatieve behandeling mogelijk.
Naast maagkanker kunnen ook andere kwaadaardige tumoren in de maag voorkomen. Het maligne lymfoom van de maag is hiervan een voorbeeld.