De grote betekenis van chronische gastritis op basis van de Helicobacter pylori ligt in de rol die deze gastritis speelt bij het ontstaan van zweren in de maag en in de twaalfvingerige darm. Vooral bij patiënten met een zweer in de twaalfvingerige darm (ulcus duodeni) vindt men een zeer hoog percentage (90% of meer) maagslijmvliesontsteking veroorzaakt door de Helicobacter pylori. Van de patiënten met een zweer in de maag (ulcus ventriculi) is ongeveer 60% Helicobacter pylori-positief. Het is nu duidelijk dat de weerstand van het maagslijmvlies door de ontsteking door Helicobacter pylori verminderd wordt, waardoor het maagzuur meer kans krijgt om beschadigend te werken. Onder normale omstandigheden leeft de bacterie alleen in de maag. Het slijmvlies in het begin van de twaalfvingerige darm kan echter pleksgewijs zo op maagslijmvlies gaan lijken dat de bacterie zich ook daar kan nestelen. Juist op deze plekken wordt het slijmvlies verzwakt en kunnen zweren in de twaalfvingerige darm ontstaan.
De relatie tussen de Helicobacter pylori en het ontstaan van maagzweren en dunne-darmzweren is van groot praktisch belang, omdat bestrijding van de Helicobacter pylori leidt tot een sterk verminderde kans op het terugkeren van de maagzweren en twaalfvingerige-darmzweren. Daarom zal tegenwoordig bij iedere patiënt met zweerziekte worden nagegaan of de bacterie aanwezig is. Als dat het geval is, is behandeling nodig. De aanwezigheid van de Helicobacter pylori kan worden vastgesteld door onderzoek van een stukje maagslijmvlies (biopt). Ook kan men tegenwoordig op eenvoudige wijze antistoffen tegen de bacterie in het bloed aantonen.