De behandeling met mitoxantrone grijpt terug op vroegere ontwikkelingen die aangaven dat men bij de behandeling van MS cytostatische stoffen zou moeten gebruiken. Dit zijn middelen die ook worden gebruikt bij bepaalde vormen van kwaadaardige aandoeningen. Mitoxantrone is ontwikkeld voor de behandeling van het mammacarcinoom (borstkanker). In twee onderzoekingen, verricht in België, Frankrijk en Duitsland, is komen vast te staan dat mitoxantrone een goed alternatief vormt voor de behandeling van MS, vooral wanneer deze nog verloopt met momenten van verslechtering en verbetering, maar ook als deze chronisch progressief is. Mitoxantrone heeft als bijwerking hartspierfalen. De hartspier kan in kracht verliezen indien er een te hoge dosis (totale dosis) mitoxantrone wordt toegediend. Daarom is de maximaal toe te dienen dosering mitoxantrone 120 tot 160 milligram. De behandeling wordt toegepast in een intraveneuze toediening. Meestal verspreid over 6 maanden of zelfs 18 maanden. De behandelingen zijn dan eens per maand of eens in de 3 maanden. De totale dosering van 160 milligram mag niet worden overschreden. Daarboven wordt de kans groot dat de hartspier wordt beschadigd. De beschadiging van de hartspier is irreversibel, dat wil zeggen dat ze niet meer te herstellen is. Mitoxantrone wordt toegepast daar waar MS in een extreem ernstige vorm lijkt te gaan verlopen. Ook kan mitoxantrone worden toegepast in de secundair progressief-vorm als het effect van interferon-bèta niet meer goed is na te gaan.
Het is van belang om bij mitoxantrone voor en na behandeling een hartspierfunctie onderzoek uit te voeren. Meestal wordt mitoxantrone-therapie toegepast in samenwerking met de oncoloog in het betreffende ziekenhuis.