In zeldzame gevallen treedt er op jonge leeftijd om onverklaarbare redenen een dermate sterke afbraak van botmineraal op, dat er al vóór het 20ste jaar sprake is van osteoporose. Er zijn echter ook enkele zeldzaam voorkomende ziekten bekend die op jonge leeftijd osteoporose veroorzaken. Voorbeelden hiervan zijn het syndroom van Turner (bij meisjes), het syndroom van Klinefelter (bij jongens) en het syndroom van Prader-Willi. Hierbij gaat het om aangeboren afwijkingen, waarbij de eierstokken of zaadballen zich onvoldoende ontwikkeld hebben. Daardoor is de vorming van de geslachtshormonen gestoord en komt de puberteitsontwikkeling (zoals baardgroei bij jongens en groei van de borsten bij meisjes) niet of minder goed op gang. Bovendien leidt het tekort aan geslachtshormonen tot een vergroot risico op een vroegtijdig optreden van osteoporose.