Bij de ziekte van Parkinson is er een soort afbraakproces (degeneratie) in een bepaald gebied in de hersenen: de ‘zwarte kernen’ (substantia nigra). Deze hersenkernen zijn van vitaal belang voor het soepel verlopen van bewegingen. Door verdwijnen van zenuwcellen in deze kernen wordt er niet voldoende dopamine gemaakt. Dopamine is een neurotransmitter, een stof die nodig is om zenuwimpulsen van de ene zenuwcel op de andere over te brengen. De verschijnselen van de ziekte van Parkinson worden waarschijnlijk pas merkbaar wanneer ongeveer 70 procent van de dopamine producerende zenuwcellen verdwenen is.
Het is ondertussen duidelijk geworden dat omgevingsfactoren, aanleg en veroudering, factoren zijn die alle een rol spelen bij het afsterven van de hersencellen in de zwarte kernen bij de ziekte van Parkinson, Als karakteristiek kenmerk bij de ziekte van Parkinson zijn met microscopisch onderzoek in sommige van de overgebleven dopamine zenuwcellen van de zwarte kernen kleine ronde vormsels te zien – de insluitlichaampjes van Lewy (genoemd naar de ontdekker ervan). Met het vinden van deze 'Lewy bodies' kan achteraf (na het overlijden) met zekerheid worden vastgesteld of het inderdaad om de ziekte van Parkinson ging. Uit onderzoek naar het ontstaan en de samenstelling van deze ’Lewy bodies’ is gebleken dat zij onder andere afbraakproducten van dopamine en het eiwit alfa-synucleïne bevatten. Een fout in het alfa-synucleïne gen in een grote Italiaans-Amerikaanse familie was de eerste vondst van een genetische oorzaak voor een erfelijke vorm van de ziekte van Parkinson. Het voorkomen van alpha-synucleïne in Lewy-bodies wijst op een fout in de stofwisseling van dit eiwit en is de reden dat de ziekte van Parkinson tegenwoordig bij de ‘synucleopathie’ aandoeningen wordt ingedeeld.