Links en rechts, vrij diep binnen in de hersenen, liggen groepen zenuwcellen – kernen – die een coördinerende en schakelende functie bij de uitvoering van bewegingen hebben. Dit zijn de basale kernen, die o.a. betrokken zijn bij de uitvoering van bewegingen en houding en bij regeling van de rustspanning in de spieren. De basale kernen hebben weer verbindingen naar beneden tot onder in de hersenen, waar de twee zwarte hersenkernen (substantia nigra) liggen die, in verhouding tot de hersendelen eromheen, duidelijk veel meer kleurstof (zwart pigment) bevatten. Bij de ziekte van Parkinson gaat het met name om stoornissen in deze beide zwarte kernen. Er is een constante terugkoppeling van informatie tussen de hersenschors – waar het signaal om een bepaalde spierbeweging uit te voeren oorspronkelijk vandaan komt – en de basale kernen. Daarnaast bestaat er een informatiecircuit tussen de zwarte kernen en de basale kernen. De basale kernen doen hun werk als het ware onder invloed van de zwarte kernen.