Als er sprake is van hypothyreoïdie, is het ook zaak dat men de aandoening kan onderscheiden van een aantal bijzondere situaties, zoals in het geval van de subklinische hypothyreoïdie, het myxoedeem coma en de hypothyreoïdie bij kinderen en pasgeborenen.

Subklinische hypothyreoïdie
Als het TSH-gehalte licht verhoogd is en de vrije T4 en T3-spiegels normaal zijn, wordt gesproken over subklinische hypothyreoïdie. De toevoeging 'subklinisch' betekent dan dat de aandoening (nog) geen klinische verschijnselen veroorzaakt. Er zijn steeds meer aanwijzingen dat behandeling in een dergelijk geval wel nuttig is, zeker als de TSH-waarde hoger is dan 10 mU/l en de antilichamen tegen TPO (peroxidase) en thyreoglobuline positief zijn. Bij subklinische hypothyreoïdie kunnen al - meestal niet ernstige en aspecifieke - klachten bestaan, zoals moeheid, gewichtstoename en depressie. Ook het geheugen en de concentratie kunnen verminderen.

Myxoedeem coma
Bij zeer ernstige hypothyreoïdie kunnen patiënten bewusteloos raken; dit kan voorkomen bij mensen die weinig sociale contacten hebben. Dit verschijnsel heet myxoedeem coma. Het is een ernstige aandoening die tot de dood kan leiden, als niet vlot tot opname in het ziekenhuis wordt besloten. Behandeling zal dan meestal plaatsvinden op een intensive-care-afdeling, vooral in verband met de slechte toestand van het hart.

Hypothyreoïdie bij kinderen en pasgeborenen
Bij jonge kinderen is de oorzaak van de hypothyreoïdie een gebrekkige ontwikkeling of afdaling van de schildklier, of de ziekte van Hashimoto. Minder vaak is een aangeboren fout in de aanmaak van T4 en T3 (dyshormonogenese) de oorzaak van de aandoening. De meest opvallende verschijnselen zijn een achterblijvende groei en een uitblijvende puberteit.
De diagnose wordt met hetzelfde bloedonderzoek gesteld als bij volwassenen, soms aangevuld met handfoto's om de botleeftijd te bepalen (deze loopt achter) en een schildklierscan, die kan laten zien dat de schildklier klein is of onvoldoende afgedaald.
Bij pasgeborenen kan het niet ontdekken van hypothyreoïdie ernstige gevolgen hebben. Uitstel van de behandeling kan namelijk leiden tot een permanente geestelijke stoornis (cretinisme). In verband daarmee wordt bij iedere pasgeborene via de hielprik een TSH-gehalte bepaald.
Het bovengenoemde cretinisme komt met name voor in die delen van de wereld waar er ernstig jodiumtekort is.
Ook bij baby's wordt de hypothyreoïdie zonder bloedonderzoek niet altijd vlot herkend. De ontwikkeling blijft achter en vaak is er een bolle buik met een uitpuilende navel. Het uiterlijk is opgeblazen en er kunnen dezelfde verschijnselen zijn als bij volwassenen. Bij twijfel wordt behandeling met thyroxine geadviseerd en eventueel (tijdelijk) te staken op de leeftijd van 1 jaar, omdat niet behandelen al in een half jaar kan leiden tot blijvende hersenbeschadiging (cretinisme).