De klachten die bij hypothyreoïdie voorkomen, zijn verschillend van aard en vaak zo algemeen dat ze niet altijd direct worden herkend. Bij het stellen van de diagnose is dus niet zelden onduidelijk hoe lang de aandoening al bestaat. Bij lichte vormen zijn er soms in het geheel geen klachten.
De klachten die het meest frequent voorkomen, zijn toenemende vermoeidheid en kouwelijkheid.
Ook geheugenverlies en spierzwakte komen vaak voor. Er kan kortademigheid optreden en pijn op de borst na inspanning of in de kou, wat wijst op vernauwing van de kransslagaderen (angina pectoris). Ook de bloedvaten in de benen kunnen vernauwd zijn, waardoor pijn ontstaat in de kuit, die verdwijnt na stilstaan (claudicatio intermittens of 'etalagebenen').
De menstruatie kan heviger worden en langer duren, maar ook helemaal wegblijven. De vruchtbaarheid vermindert. Het gewicht kan toenemen, maar gewoonlijk niet meer dan enkele kilo's. De huid wordt droog, koud en ruw.





Er kan zich vocht ophopen in het gezicht en rond de oogleden. Het uiterlijk wordt pafferig en de stem wordt hees en laag. Ook kan doofheid optreden en een vertraagde stoelgang. Er kunnen krampen in de spieren of tintelingen van de handen optreden. Dit laatste komt door het zogenaamde carpale-tunnelsyndroom. Bij dit syndroom zit er een zenuw klem in de pols. Die beklemming gaat gepaard met een stoornis van de gevoeligheid van de vingers die zich vooral uit in jeuk en kriebelingen (alsof er mieren lopen). Het komt ook voor bij andere aandoeningen en verdwijnt na behandeling. De lang bestaande, ernstige vormen kunnen ook bij psychische klachten voorkomen.
Als de dokter u goed kent en u enige tijd niet heeft gezien, zal de diagnose snel duidelijk zijn. Meestal echter zijn de veranderingen zo langzaam gekomen dat ze niet zo erg opvallen.
De arts kan merken dat u er pafferig uitziet en dat de huid er gelig uitziet, wat wijst op myxoedeem. Deze aandoening wijst op een ophoping van bepaalde stoffen in de huid en wordt gekenmerkt door een verlaagd basaal metabolisme en een wasachtige of deegachtige zwelling van de huid waarin geen putjes kunnen worden gedrukt (mucoïde infiltratie van de huid). De naam myxoedeem wodt ook gebruikt als synoniem van een (ernstige) hypothyreoïdie. De hartslag kan trager zijn, de bloeddruk wat hoger. De peesreflexen verlopen vertraagd. Vooral in het begin kan de schildklier opgezet zijn.