Op het moment dat er in het lichaam stoffen binnendringen die als lichaamsvreemd worden beschouwd, zogenaamde antigenen, reageert het afweersysteem van het lichaam daarop door antistoffen of antilichamen aan te maken. Zulke antilichamen zijn van nature al in het lichaam aanwezig of moeten door het lichaam worden gemaakt zodra dat nodig is.
Nu zijn er diverse antilichamen die tegen de schildklier gericht zijn en die de schildkliercellen kunnen beïnvloeden. Ze kunnen voorkomen in het kader van de zogenoemde auto-immuunziekten. Dat zijn aandoeningen die gekenmerkt worden door het feit dat het lichaam antistoffen produceert die lichaamseigen cellen of weefsels aantasten en zelfs afbreken. Het lichaam breekt als het ware zichzelf af.
Een van de auto-immuunziekten die te maken hebben met de schildklier, is de ziekte van Hashimoto. Bij deze ziekte, die uiteindelijk meestal leidt tot hypothyreoïdie, komen (remmende) antilichamen voor tegen thyreoglobuline (of colloïd) en peroxidase (= TPO of microsomaal cq. cytoplasma).

In combinatie met de ziekte van Hashimoto kunnen ook andere auto-immuunziekten optreden, zoals type 1 diabetes en pernicieuze anemie ('kwaadaardige bloedarmoede'). Daarbij worden antilichamen tegen bepaalde maagcellen gemaakt, waardoor vitamine B12 niet goed kan worden opgenomen. Hierdoor kan bloedarmoede ontstaan en in dat geval zijn vitamine B12-injecties nodig.
Bij de ziekte van Graves is eerder sprake van schildklierstimulerende antilichamen (TSI = thyroid stimulating immunoglobulins of TsAb = thyroid stimulating antibodies). Deze antilichamen worden bij de meeste patiënten met Graves' hyperthyreoïdie gevonden en iets minder vaak bij patiënten met wel de oogverschijnselen maar (nog) niet de Graves' hyperthyreoïdie.
De remmende antilichamen die bij de ziekte van Hashimoto worden gevonden, kunnen ook bij de ziekte van Graves voorkomen. Zij hebben kennelijk bij deze ziekte niet de overhand.