Naast de voordelen van het stoppen met roken zijn er ook nadelen. De helft van de rokers die stoppen, krijgt last van ontwenningsverschijnselen zoals geïrriteerdheid, problemen met concentreren, rusteloosheid en een licht gevoel in het hoofd. Deze klachten zijn het gevolg van een gebrek aan nicotine.
Het lichaam went echter snel aan de nieuwe situatie. De verschijnselen zijn het hevigst in het begin en beginnen na enkele dagen te verminderen. Nicotinevervangende middelen kunnen de onaangename ontwenningsverschijnselen verlichten. Deze middelen hebben wel de effecten van nicotine, maar niet de andere gezondheidsschade van de tabaksrook. De opname in het bloed van de nicotine van nicotinevervangende middelen is gelijkmatiger dan de opname bij het roken van sigaretten. Daardoor kan de behoefte aan nicotine geleidelijk worden afgebouwd. Nicotinevervangende middelen zijn in verschillende vormen verkrijgbaar: als inhalatievloeistof, kauwgom, pleister, tabletten voor onder de tong of zuigtabletten. Mensen die tien of meer sigaretten per dag roken, kunnen baat hebben bij het innemen van deze middelen. Nicotinevervangende middelen kunnen geringe bijwerkingen geven zoals hikken bij het gebruik van kauwgom of irritatie van de huid bij het gebruik van pleisters.

Depressieve gevoelens
Van de ontwenningsverschijnselen zijn de depressieve stemming, het hunkeren naar een sigaret en de toegenomen eetlust de belangrijkste. In sigarettenrook komen stoffen voor die werken als antidepressiva. Dat zijn medicijnen die gebruikt worden om een depressie te bestrijden. De nicotinevervangende middelen bestrijden depressieve gevoelens in mindere mate dan sigaretten. Voor mensen die al eens een depressie hebben doorgemaakt, stijgt bij het stoppen met roken de kans op een terugval. Bij deze mensen kan het innemen van antidepressiva de stoppoging ondersteunen.
Als de lichamelijke verslaving aan nicotine na enkele weken voorbij is, dan kan het hunkeren naar een sigaret nog een behoorlijke tijd duren. De roker moet zich bevrijden van een ingeroeste gewoonte, van het jarenlang aangekweekte gedrag rondom roken. Als de ex-roker denkt dat hij er vanaf is, kan de behoefte om opnieuw te roken toch opeens opduiken. Het roken van één sigaretje leidt echter vaak tot het roken van een tweede, een derde, enz. Op die manier is een ex-roker voordat hij het goed en wel beseft, opnieuw een roker en zal hij opnieuw moeten stoppen.

Energieverbruik
Bij iemand die begint met roken, vermindert het lichaamsgewicht met drie tot vier kilo. Nicotine remt de eetlust, en een roker verbruikt meer energie dan een niet-roker: zijn hartslag is sneller en ook ander organen gebruiken meer energie. Bij het stoppen stijgt het lichaamsgewicht gemiddeld met twee tot vijf kilo. De ex-roker keert terug naar het gewicht dat hij normaal ook zou hebben gehad. Het stijgen van het lichaamsgewicht gebeurt vooral in de eerste zes tot twaalf maanden. Uit het oogpunt van risicobestrijding is het beter om de geringe gewichtstoename te accepteren en te stoppen met roken dan om te blijven roken. Wanneer u stopt met roken, is het niet verstandig om steeds iets te gaan eten als beloning voor elke sigaret die u niet opsteekt, want dit kan uitdraaien op een forse gewichtstoename.

Aften en acne
Ten slotte is het bekend dat mensen die onlangs zijn gestopt met roken meer last hebben van aften in de mond en dat de kans op acne (jeugdpuistjes) toeneemt. Ook deze ontstekingsverschijnselen worden geleidelijk minder.